Информационное издание · Фармацевтика и аптечный бизнес Москва · 2026
Фармацевтический вестник

Аналитика · Регулирование · Аптечный бизнес

Главная / Налогообложение аптеки: выбор системы и особенности учёта
Аптечный бизнес · Налоги и учёт

Налогообложение аптеки: выбор системы и особенности учёта

Обновлено: июль 2025 Время чтения: ~9 минут

Открытие и ведение аптечного бизнеса в России неразрывно связано с грамотным выбором налогового режима. Ошибка на старте способна обернуться переплатой в сотни тысяч рублей ежегодно или штрафами со стороны налоговых органов. При этом фармацевтический ритейл имеет специфику, которой нет ни в одной другой отрасли: строгое лицензирование, ограничения по реализации отдельных групп товаров, льготы по НДС и особые правила списания медикаментов.

В этом материале мы разберём, какие системы налогообложения доступны аптеке, как выбрать наиболее выгодный режим, какие нюансы важно учесть при ведении учёта и какие ошибки чаще всего допускают начинающие владельцы аптек.


Обзор режимов

Какие системы налогообложения доступны аптеке

Аптека — это лицензированный субъект розничной торговли лекарственными средствами. Это накладывает серьёзные ограничения на выбор налогового режима. Разберём каждый из них.

ОСН Общая система

Общая система налогообложения — обязательный выбор для крупных аптечных сетей и аптек с годовым оборотом свыше 265,8 млн руб. (лимит УСН на 2025 год). Включает НДС, налог на прибыль (20%) и налог на имущество.

  • НДС 10% на большинство лекарств, 20% на косметику и БАДы
  • Возможность принятия НДС к вычету у поставщиков
  • Высокая налоговая нагрузка при низкой марже
УСН Упрощёнка

Упрощённая система — наиболее популярный режим для небольших аптек и аптечных пунктов. Доступна при соблюдении лимитов по выручке, численности сотрудников и остаточной стоимости основных средств.

  • 6% с доходов или 15% с разницы «доходы минус расходы»
  • Отсутствие НДС (за редкими исключениями)
  • Упрощённая бухгалтерская отчётность
ПСН Патент

Патентная система разрешена для аптек только в форме ИП. Подходит для небольших аптечных пунктов с площадью зала до 150 м² и годовым доходом до 60 млн руб.

  • Фиксированная стоимость патента независимо от реального дохода
  • Не применима к юридическим лицам
  • Нельзя совмещать с реализацией маркированных товаров без ограничений
ЕСХН Сельхоз. налог

Единый сельскохозяйственный налог для аптек недоступен. Аналогично, ЕНВД отменён с 2021 года и не может применяться. Упоминаем для снятия частых вопросов.

  • Не применяется к розничной торговле лекарствами
  • ЕНВД отменён с 01.01.2021

Важно: аптека не вправе применять НПД (налог на профессиональный доход — самозанятость), поскольку розничная торговля лекарственными средствами требует лицензии, а перепродажа товаров самозанятым запрещена по закону.

Сравнительный анализ

Сравнение налоговых режимов для аптеки: таблица

Ниже приведена сводная таблица, которая поможет принять взвешенное решение при регистрации или смене налогового режима.

Параметр ОСН УСН 6% УСН 15% ПСН
Форма бизнеса ИП, ООО ИП, ООО ИП, ООО Только ИП
Лимит выручки Без лимита До 265,8 млн ₽ До 265,8 млн ₽ До 60 млн ₽
Ставка налога 20% + НДС 6% с дохода 15% с прибыли Фиксированная
НДС на лекарства 10% / 20% Нет Нет Нет
Бухучёт Полный Упрощённый Упрощённый Минимальный
Маркировка «Честный знак» Полная Полная Полная Полная
Подходит для Сетей и крупных аптек Одиночных аптек с высокой выручкой Аптек с большими расходами Аптечных пунктов у ИП
Сравнительная таблица налоговых режимов для аптеки: ОСН, УСН и патент с расчётом налоговой нагрузки

Иллюстрация: сравнение налоговых режимов для фармацевтического ритейла

Практические нюансы

Особенности учёта в аптеке: что важно знать

Налоговый учёт в аптеке отличается от обычного розничного магазина. Законодательство устанавливает особые правила хранения, списания и документирования лекарственных средств, которые напрямую влияют на налоговую базу.

1. НДС-льготы на лекарственные препараты

Лекарственные препараты, включённые в государственный реестр и имеющие регистрационное удостоверение, облагаются НДС по ставке 10% согласно пп. 4 п. 2 ст. 164 НК РФ. Это существенная льгота по сравнению со стандартными 20%. Однако:

  • БАДы, косметика, гигиенические товары облагаются по ставке 20% — даже если продаются в аптеке
  • Изделия медназначения — 10%, при наличии кода ОКП/ОКПД
  • Ошибки в ставке НДС при выставлении документов ведут к доначислениям и штрафам

2. Списание медикаментов с истёкшим сроком годности

Просроченные лекарства подлежат обязательному уничтожению в соответствии с Постановлением Правительства РФ № 674. Для целей налогообложения стоимость списываемых товаров учитывается следующим образом:

  • На ОСН: убытки от уничтожения можно включить в расходы при наличии документального подтверждения (акт, заключение)
  • На УСН 15%: расходы принимаются только по закрытому перечню ст. 346.16 НК РФ — уничтожение товаров прямо не поименовано, что создаёт налоговые риски
  • Требуется составить акт на списание, акт об уничтожении, получить документ от специализированной организации

3. Предметно-количественный учёт (ПКУ)

Аптеки обязаны вести предметно-количественный учёт ряда групп товаров: наркотических и психотропных веществ, сильнодействующих препаратов, прекурсоров. Это требование установлено приказом Минздрава России № 378н. Данные ПКУ должны соответствовать данным бухгалтерского и налогового учёта.

Расхождения между ПКУ и налоговой базой — один из ключевых рисков при проверке. Рекомендуется проводить ежемесячную сверку данных.

4. Интеграция с системой «Честный знак»

С 2020 года все аптеки обязаны передавать сведения о движении маркированных лекарств в систему мониторинга движения лекарственных препаратов (МДЛП). Это влияет на налоговый учёт:

  • Дата реализации в МДЛП должна совпадать с датой выручки в кассовых документах
  • Возвраты лекарств от покупателей должны быть оформлены корректно в обеих системах
  • Несоответствие данных МДЛП и кассы может стать основанием для выездной проверки
Фармацевт за компьютером ведёт налоговый и складской учёт лекарственных препаратов в аптеке

Грамотный учёт — основа финансовой устойчивости аптечного бизнеса

Пошаговое руководство

Как выбрать систему налогообложения для аптеки: алгоритм

Следуйте этому алгоритму при открытии новой аптеки или при принятии решения о смене режима (смена возможна с 1 января следующего года, уведомление подаётся до 31 декабря).

1

Определите форму бизнеса

ИП с одной аптекой может рассмотреть ПСН или УСН. ООО — только УСН или ОСН. Если планируете несколько точек или крупный оборот — сразу ориентируйтесь на УСН или ОСН.

2

Оцените структуру расходов

Если расходы (закупка препаратов, аренда, зарплата, коммунальные услуги) составляют более 70–75% от выручки — УСН «доходы минус расходы» (15%) выгоднее, чем УСН «доходы» (6%). При расходах ниже 60% — предпочтите ставку 6%.

3

Учтите работу с поставщиками на ОСН

Крупные фармистрибьюторы работают с НДС. Если вы на УСН — вы не сможете принять НДС к вычету, но поставщик всё равно включит налог в цену. Проведите переговоры о цене «без НДС» или убедитесь, что маржинальность компенсирует этот разрыв.

4

Проверьте региональные льготы

Субъекты РФ вправе снижать ставку УСН «доходы минус расходы» до 5% и УСН «доходы» до 1%. Ряд регионов устанавливает пониженные ставки для предприятий здравоохранения и фармацевтики — проверьте закон вашего региона.

5

Подайте уведомление в установленный срок

При регистрации — уведомление об УСН подаётся вместе с документами или в течение 30 дней. При переходе с нового года — до 31 декабря текущего года. Форма уведомления — 26.2-1.

Вопросы и ответы

Частые вопросы о налогообложении аптеки

Да. Реализация рецептурных препаратов не является ограничением для применения УСН. Ключевые ограничения — лимит выручки, численность персонала и отсутствие обособленных подразделений (для ООО). Рецептурный или безрецептурный статус препарата на систему налогообложения не влияет.

Для большинства одиночных аптек с выручкой до 50–80 млн рублей оптимален УСН «доходы минус расходы» по ставке 15% (или пониженной региональной). Аптечный бизнес характеризуется высокой долей расходов на закупку товара — как правило, 55–70% от выручки, что делает «доходно-расходную» упрощёнку выгоднее, чем 6% с оборота.

Возврат лекарственного препарата надлежащего качества по закону о защите прав потребителей не допускается. Исключение — препараты ненадлежащего качества или отпущенные по ошибке. При возврате оформляется кассовый чек возврата прихода, корректировочный счёт-фактура (на ОСН), а сумма возврата уменьшает выручку того периода, в котором он произошёл.

Да, обязательно. Все аптеки — вне зависимости от системы налогообложения — обязаны применять онлайн-кассы согласно 54-ФЗ. Кроме того, касса должна быть интегрирована с системой МДЛП «Честный знак» для передачи сведений о реализации маркированных препаратов в режиме реального времени.

Да, ИП вправе совмещать УСН и ПСН. Например, основная аптека работает на УСН, а небольшой аптечный пункт — на патенте. При совмещении необходимо вести раздельный учёт доходов и расходов. Совокупный доход для проверки лимита ПСН считается по обоим режимам — не должен превышать 60 млн руб. в год.

Экспертная помощь

Не уверены, какой режим подойдёт вашей аптеке?

Расчёт налоговой нагрузки по каждому режиму, анализ структуры расходов и подготовка уведомлений — доверьте эти задачи профильному бухгалтеру, специализирующемуся на фармацевтическом ритейле. Это сэкономит деньги с первого же квартала.

Материал носит информационный характер и не является налоговой консультацией. Для принятия решений рекомендуем обратиться к квалифицированному специалисту.